収益物件の売却で生じる税金とは？節税のコツや確定申告についても解説

アパートやマンションを売却する際に「税金はいくらかかるんだろう」と不安になる方も多いのではないでしょうか。
収益物件を売却する際は、税金だけでなく確定申告についても理解を深めておくことが大切です。
そこで今回は、収益物件を売却するときに生じる税金の種類や税金対策、確定申告の流れなどを解説します。
枚方市を中心に、京阪エリアで収益物件の売却をご検討中の方は、ぜひ参考になさってください。

収益物件を売却する際にかかる税金の種類

はじめに、収益物件の売却で生じる税金の種類から解説します。

印紙税

印紙税は売買契約書に課される税金で、収入印紙を貼り付けて納税します。
印紙税額は物件の売買価格によって異なり、令和6年3月31日までは軽減税率が適応されます。
軽減税率適用後の印紙税額は次のとおりです。

• 50万円超え100万円以下：500円
• 100万円超え500万円以下：1,000円
• 500万円超え1,000万円以下：5,000円
• 1,000万円超え5,000万円以下：1万円
• 5,000万円超え1億円以下：3万円

印紙税は税法の改正で変更されることがあるため、売買契約を結ぶ際は国税庁のホームページなどを確認しておくと安心です。

登録免許税

収益物件に限らず、住宅ローンを組んで購入した不動産を売却する際は、抵当権を抹消する必要があります。
抵当権とは、契約者が返済不可になったときに、金融機関が自宅を担保に取る権利です。
抵当権が設定されたままでは売却できないため、売却前に抹消手続きをしなければならず、その際に登録免許税がかかります。
登録免許税の金額は、1つの不動産につき1,000円です。
一棟アパートを売却する場合は、土地と建物それぞれに課税され、登録免許税額は2,000円となります。
区分マンションの場合は、ご自身の持ち分に応じた金額が課されます。
抵当権抹消の手続きはご自身でもおこなえますが、司法書士に依頼する方がほとんどです。
司法書士に依頼する場合は、登録免許税のほか司法書士への報酬として3万円ほど支払う必要があります。

譲渡所得税

収益物件を売却して譲渡所得（利益）が生じたら、譲渡所得税がかかります。
譲渡所得が生じているかどうかは、以下の計算式で確認できます。
譲渡所得＝売却によって得た総収入－（取得費＋譲渡費用）
取得費とは、収益物件を購入したときにかかった費用です。
物件の購入代金だけでなく、仲介手数料や不動産取得税なども該当します。
譲渡費用は、収益物件を売却する際にかかった費用です。
仲介手数料やリフォーム費用、立ち退き料なども含まれます。
計算式で求めた譲渡所得に以下の税率をかければ、譲渡所得税額を算出できます。

• 所有期間5年超え（長期譲渡所得）：20.315％
• 所有期間5年以下（短期譲渡所得）：39.63％

収益物件の所有期間によって税率が大きく異なるため、売却のタイミングはよく見極めるようにしましょう。

収益物件を売却する際の税金対策

ここでは、収益物件を売却したときの税金対策を解説します。

買い換え特例を利用する

収益物件を売却して一定期間内に新たな資産を購入した場合、要件を満たせば買い換え特例が適用できます。
この特例は、譲渡所得税の課税を一時的に繰り延べられるというものです。
買い換え時点では課税されず、購入した不動産を次に売却したときに譲渡益が課税対象になると考えると良いでしょう。
具体的には、譲渡所得の20％、もしくは買い換えた物件の価額の80％を超える部分にだけ課税される仕組みです。
売却金額より新しく購入した物件のほうが高い場合は、売却金額に20～30％をかけた金額が譲渡所得となります。
売却した物件と新しく購入した物件がともに事業用であることや、購入後1年以内に事業に使うことなどが条件です。

印紙税を節税する

印紙税は、売主と買主それぞれが負担することになっていますが、負担割合が明確に定められているわけではありません。
一般的には、それぞれが保有するために同じ契約書を2通作成し、印紙税を半分ずつ負担するケースが多いでしょう。
しかし、契約書は2通作成するという決まりはなく、お互いが了承すれば、どちらかがコピーを保管しても良いとされています。
一方がコピーを保管すれば、売買契約書は1通で済むため、その分印紙税も節税できます。
また、電子契約であれば印紙税が不要なので、税金対策として検討してみてはいかがでしょうか。

確定申告を青色申告でおこなう

収益物件を売却して利益が出たら税金がかかるため、確定申告をおこなわなければなりません。
確定申告には、青色申告と白色申告の2種類がありますが、税金対策をするなら青色申告がおすすめです。
白色申告の基礎控除が一律38万円なのに対して、青色申告は最大で65万円を控除できます。
また、事業を手伝っている家族を専従者として、専従者への給与を経費に計上することも可能です。
電子帳簿を作成するなどの手間はかかりますが、節税効果を高めたいのであれば青色申告を検討しましょう。

収益物件を売却したら確定申告をして税金を納付する

ここからは、収益物件を売却してから確定申告をするまでの流れと必要書類などを解説します。

売却から確定申告までの流れ

申告時期が近づくと、税務署から「譲渡所得がある場合の確定申告のお知らせ」が届くはずです。
利益が出ていない場合は、その旨を記入して返送しましょう。
利益が出ている場合は、売却した翌年の2月16日から3月15日の間に確定申告をおこないます。
ハガキに回答しないと税務調査の対象になることもあるため、利益が生じていなくても必ず返信するようにしましょう。
もし、ご自身で期限内に申告するのが難しいと感じる場合は、税理士に依頼するのも選択肢の1つです。
費用はかかりますが、平日に税務署へ行く時間や書類を作成する手間を省き、確実に申告を済ませることができます。
ご自身で申告をする際は、税務署に設置された確定申告に関する無料相談所を活用すると良いでしょう。

申告時の必要書類

収益物件売却後の確定申告では、確定申告書と分離課税用の申告書（第三表）が必要です。
いずれも税務署や市役所で取得できるため、早めに準備しておくことをおすすめします。
また、収益物件の売却後に国税庁から「譲渡所得の内訳書」が送られてくるため、余裕を持って記入しておきましょう。
そのほかにも、以下のような書類が必要になります。

• 登記簿謄本
• 取得費が分かる書類
• 譲渡費用が分かる書類

取得費が分かる書類とは、収益物件を購入したときに交わした売買契約書や、仲介手数料の領収書などです。
譲渡費用が分かる書類には、売却時に支払った諸費用の領収書や不動産の全部事項証明書などが挙げられます。
取得費や譲渡費用を計上するほど節税につながるため、金額を証明できそうな書類はなるべく多く集めておきましょう。

まとめ

収益物件を売却する際には、印紙税や登録免許税がかかります。
また、売却により利益が生じたら譲渡所得税も課されるため、売却した翌年に確定申告が必要です。
申告時にはさまざまな書類が必要になり、収集に時間を要する可能性があるため、早めに準備しておくことをおすすめします。
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